Pour résoudre le problème, j'ai utilisé 2 systèmes :
1. Importer les ePubs dans iBooks manuellement.
1bis. (important) Fermer puis redémarrer iBooks.
2. Dans iBooks : Fichier > Transférer des livres depuis iTunes
(pensez quand même à sauvegarder avant)
Les ayant fait à la suite, je...