Cela n'a pas de rapport particulier avec .doc. Convertir un document (quel qu'il soit) d'un format vers un autre implique nécessairement des modifications dans la mise en page sauf coup de chance (mêmes polices, même format d'impression, pas de styles personnalisés,...)
La conversion en PDF échappe à cette règle (du moins en général) puisque c'est assimilable à une impression et c'est une solution si on ne doit plus modifier le document. Sinon, il faut connaître les changements de mise en forme que la conversion peut induire et essayer d'en tenir compte autant que possible. Il n'y a pas de solutions miracles, en gros. Ou alors il faut rester extrêmement basique dans la mise en page (en particulier dans le choix des polices) et transférer en .rtf, ça limitera la casse...
Par ailleurs, pour une meilleur compatibilité avec les .doc, il est préférable d'utiliser OpenOffice.org plutôt que Pages.