Salut,
le blanc couvrant se gère de la même manière qu'un pantone, nouvelle nuance de tons directs qu'il faut créer dans ta palette nuancier et que tu peux mettre sur un calque à part par exemple. Pour les autres couleurs cela se gère de la même manière qu'un fichier quelconque si ton doc est en CMYK, ben les couleurs (mis à part le blanc couvrant) seront quadri, si tu utilises des Tons directs, tu utiliseras des couleurs Pantones. Après il faut jouer éventuellement avec les surimpressions ou pas, les bendays ou valeurs de Pantone tramés (Tints). Quand à modifier l'opacité d'une couleur par le biais direct de la palette transparence je te le déconseille.
Voilà, un seul fichier propre clair, épuré des références couleurs précises, une sortie couleur calibrée au mieux. Avec cela l'imprimeur pourras toujours s'en sortir convenablement.