La table de partition consiste en descripteurs de l'espace total du disque qui résident sur les premiers blocs de ce disque : le bloc 0 pour une MBR (Master Boot Record) typique de Windows, les blocs 1 > 32 pour une GPT (GUID Partition Table) typique d'OS X. La table de partition décrit notamment les partitions du disque (secteurs allant du bloc n° tant au bloc n° tant) et les systèmes de fichiers gérant ces secteurs de blocs : ntfs, fat-32, exfat pour Windows ; jhfs+ pour OS X (NB. un "bloc" est un alignement de 512 octets de 8 bits chacun - en règle générale).
Chaque partition est gérée par un système de fichiers d'un format donné, qui monte à partir des blocs bruts de la partition un volume (càd. un espace de répertoire où se montrent des fichiers lisibles par des applications).
Reformater, c'est effacer le système de fichiers d'une partition pour le remplacer par un autre, identique en format ou différent.
Ré-initialiser, c'est effacer la table de partition générale du disque, pour la remplacer par une autre, identique en schéma ou différente.
=> en résumé : il faudrait, sous Windows, que tu ré-initialises la table de partition MBR de ta clé pour la remplacer par une MBR flambant neuve. Parce qu'il y a l'air d'y avoir un sacré bazar logique à ce niveau.