Bonjour
Oui, il est tout-à-fait possible d'avoir deux partitions, l'une en NTFS pour Windows et l'autre en HFS+ pour Mac OS, et d'installer sur chacune les applications spécifiques à chacun des OS.
Le fait de garder une partition native pour chaque OS permet d'ailleurs de continuer de respecter leurs particularités propres, et d'éviter quelques problèmes de compatibilité entre les deux systèmes (noms de fichiers et dossiers spéciaux, notamment).
En revanche, bien qu'il soit possible de lire et d'écrire à partir d'un OS sur la partition native de l'autre moyennant d'éventuels logiciels supplémentaires, ce n'est pas toujours forcément très direct et pratique (fonction des logiciels utilisés), ni même parfois très sûr (quelques incompatibilités entre les systèmes, risque d'atteinte des fichiers Mac par des virus Windows).
En ce qui me concerne, j'ai installé une partition HFS+ et une partition NTFS. Les deux sont accessibles depuis Mac OS X (écriture NTFS via le driver NTFS-3G sous Tiger), mais Windows n'accède qu'à la partition NTFS. C'est la partition NTFS qui me sert de zone d'échange entre les deux systèmes.
A une époque j'utilisais une partition FAT32, accessible depuis les deux OS. Mais j'ai abandonné cette solution du fait de la limitation de la taille des fichiers à 4 Go et des risques encourus par l'action d'éventuels virus Windows (maintenant, ces virus peuvent toujours reformater la partition HFS+, mais ils ne peuvent plus modifier directement les fichiers qu'elle contient).
EDIT: si ton choix se porte tout de même sur FAT32, je te conseille de formater la partition à partir de Windows et non de Mac OS X. C'est plus sûr. Sinon dans certains cas, il peut y avoir des problèmes d'accès aux données.