Paragon NTFS, même dans sa dernière version, ne provoque pas un tel problème. Je ne comprends pas bien ce qui t'est arrivé, mais c'est un logiciel fiable.
Tu peux effectivement reformater (il y a probablement un hic avec ton système) puis tout réinstaller au propre. Je te recommande dans tous les cas de faire un clone bootable (éventuellement t'intéresser à Time Machine), de sorte de pouvoir réinstaller plus facilement en cas de problème, et ensuite de réinstaller Paragon.
Quand tu installes un logiciel, et qu'il y a un manuel, prends l'habitude de le lire. Ne pas désinstaller correctement certains logiciels (c'est-à-dire sans utiliser le désinstallateur fourni) porte souvent à conséquence. On ne s'en rend pas forcément compte sur le moment, mais cela peut fiche la pagaille par la suite.