Ce n'est pas bien compliqué, une fois ton iPad connecté à iTunes, tu vas dans le dossier VLC, tu sélectionnes ton fichier et tu appuis sur commande + suppr (ou backspace c'est selon) et là tu confirmes la suppression de ton iPad… on ne supprime depuis l'application en effet (c'est comme ça sur pas mal de softs iPad).
A mon avis avec la 4.2 on devrait voir évoluer ce genre de manipulation.