Le problème est qu'on n'a aucune info sur les algorithmes utilisés d'une part lors de la charge de la batterie, d'autre part pour déterminer l'état de charge : c'est top secret sans doute.
Je l'ai déjà dit, je n'ai rien d'un spécialiste en la matière. Simplement j'ai eu l'occasion de faire longtemps des mesures sur des batteries d'un tout autre type (photovoltaïque) et d'avoir quelques avis sur la question.
Il est donc tout à fait possible qu'il y ait des bugs dans les algorithmes de calcul de l'état de charge ce qui est plus gênant que grave ; possible également que les algorithmes de charge foirent un peu.
Mais il est sûr par contre que personne ne sait mesurer précisément un état de charge sauf à repasser par un état zéro plus ou moins précis (je soupçonne que l'avis d'apple sur la première utilisation, que je vous engage quand même à suivre, est fait au moins autant pour avoir une meilleure approximation de l'état de charge que pour avoir une meilleure capacité de la batterie. En tous cas, ne confondez pas le faire au début, ou de temps à autre, et le faire systématiquement : et ça apple ne le dit pas, il me semble.
Pour le reste, il n'est pas indispensable d'économiser à tout prix sur la consommation. Simplement, une utilisation plus gourmande réduit le temps d'autonomie relativement rapidement (la capacité des batteries est normalement définie pour un taux de décharge donné : C10 (en 10h, C100 en 100 heures, par exemple et C10 < C100).
Une batterie déchargée ne l'est pas complètement, simplement elle est en desssous du seuil d'utilisation défini par la régulation.
Pour ce qui est d'une machine en veille qui s'arrête dès qu'on réveille la machine, c'est assez logique dans certains cas : en veille, faible conso, la tension se maintient et, effectivement, la capacité de décharge à ce niveau reste significative. Au réveil, la conso augmente, la tension diminue et peut passer en-dessous du seuil. De fait, la capacité de la batterie à ce nouveau taux de décharge est plus réduite.
ça doit être assez proche de ce qu'on peut observer avec un transistor aux piles nazes : à très bas volume, on peut écouter un peu, si on monte le volume, on n'a plus rien. Même chose pour une batterie de voiture capable d'assurer les phares plus ou moins (débit moyen) mais incapable d'assurer le débit nécessaire au démarreur.
Sinon, je ne connais pas les batteries li-on qui peuvent avoir des particularités. Disons qu'en général, sur les portables apple, les batteries semblent assez bien adaptées. Quand ça coince, ça peut être un bug système (mauvais calcul de l'état de charge) mais dans certains cas c'est tout simplement que la batterie est naze : ce sont des choses qui arrivent. Il faudrait pour le vérifier faire débiter la batterie sur autre chose que le mac.