Ca dépend si tu souhaites faire une réinstallation propre ou pas ?
1) Déjà, il faudrait sauvegarder tes données personnelles, soit tu utilises Time Machine ou tu fais un clone avec Carbon Copy Cloner ou SuperDuper! de ton ancien OS X, en cas de problème tu peux redémarrer dessus et faire une restauration.
2) Comme tu as un disque USB, commence par faire un clone, puis tu copies depuis l'autre Mac, une version de El Capitan, que tu mettras dans le dossier Applications.
3) Après, soit tu te contentes de lancer l'installeur de El Capitan qui ne fera qu'une installation par dessus ton ancien OS X ce qui gardera tous tes logiciels et données personnelles, mais dans ce ça de figure, si ton ancien OS X était un peu bancal, rien ne dit que El Capitan sera stable.
Si tu souhaites faire une clean install, donc une réinstallation propre, le mieux est de faire comme en 2), depuis ce clone tu formates ton disque dur interne sans oublier la partition GUID, puis tu lances l'installation, il ne restera plus qu'à installer tous tes logiciels et à rapatrier tes donnés personnelles.
