Premier élément, quel que soit le Mac depuis lequel tu formates, une partition d'un disque USB2 ne sera bootable que sur ton Mac mini, car seuls les Mac "Intel" peuvent booter depuis l'USB.
Pour pouvoir créer un partitionnement "mixte" (MS-DOS/HFS+), il te faut choisir un schéma de partition "GUID" ou "MBR" dans Utilitaire de disque (bouton "Options" dans l'onglet "Partitionner"), sachant que seul GUID permettra de réaliser une partition bootable sur Mac Intel.
Enfin, sache que même dans le cas ou un disque (Firewire) ne contiendrait que des partitions HFS+, il ne serait pas possible d'y créer une partition bootable sur Mac Intel et une autre bootable sur Mac PPC, le Mac Intel ne pouvant booter que sur un disque présentant un format de partition GUID, alors que le Mac PPC, lui, a besoin que le disque présente un format de partition APM (Apple Partition Map, ou, in french, "Carte de partition Apple").