Moi personnellement j'utilise les deux...
Enfait pour les présentations j'utilise tout le temps Keynote j'ai encore jamais eu à utiliser PowerPoint, ... Keynote est beaucoup mieux !
Pour le tableur par contre... Excel est beaucoup mieux... Cela dépend évidemment de tes besoins, et bien que Numbers soit excellent pour un premier lancement... Excel est quand même mieux
Et en traitement de texte là... Ca dépend et vu que tu parles de thèses... Je ne sais quoi te conseiller car Pages et parfait pour les trucs tape-à-l'oeil déjà faits il suffit de personnaliser c'est super pour les brochures, prospectus et surtout les affiches

et tout à fait suffisant pour le grand public ...
Et Word est bien évidemment plus complet (et plus compliqué pour les néophytes mais à mon avis, tu n'en es pas un LOL !)
Donc il est préférable à mon avis pour toi d'utiliser Word pour tes thèses
Par contre pas de souci au niveau de la compatibilité ! Aussi bien chez iWork que chez Office

Il te suffit de choisir en quel format tu veux sauvegarder tes documents et tu n'auras aucuns problèmes de compatibilité entre les deux suites et avec les PC's
Sinon il te reste biensur encore les versions libre qui peuvent suffire à pas mal de gens et qui sont très intéressantes mais pas suffisante pour moi et je doute qu'elles le soient pour toi aussi
Le mieux c'est encore d'essayer par toi-même !
Tu peux essayer Office 2004 pour Mac ICI :
http://www.01net.com/telecharger/mac/Bureautique/editeur_de_texte/fiches/20809.html
Tu peux essayer iWork '08 ici :
http://www.clubic.com/telecharger-fiche41640-iwork.html
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Maintenant, pour te donner un avis plus personnel :
Je n'utilise plus trop Office 2004 pour Mac mais plutot OFFICE 2007 sous Windows qui est beaucoup mieux ! Je trouve que les version Mac de Office ne sont pas à la hauteur par rapport aux versions Windows
Biensur, je ne sais pas quel type de Mac tu possèdes, mais si tu possèdes un Mac INTEL, je te conseille d'y installer Windows si tu veux utiliser Office 
Si tu es en PowerPC, il existe le logiciel Virtual PC, qui te permet de faire tourner Windows XP en machine virtuelle 
Il est également inclus, AVEC WINDOWS XP, dans la version professionnelle de Office 2004 pour Mac 
Mais biensur, tout cela coûte très cher ...
A toi de voir

Je te conseille fortement d'esayer les deux
